Музей оккупаций и борьбы за свободу учрежден указом министра культуры Литовской Республики и президента Союза политических заключенных и ссыльных Литвы от 14 октября 1992 г. Первым директором был назначен историк Гинтарас Вайчюнас.

Музей основан в том же здании, в котором со второй половины 1940 г. до августа 1991 г. действовали советские органы безопасности, лучше всего известные в мире под названием КГБ. Для жителей Литвы это здание является символом 50-тилетней советской оккупации, поэтому чрезвычайно важно, что именно здесь основан музей, который нынешнему поколению – напомнит, а будущим – расскажет о тяжелых и трагичных для Литвы и ее жителей 1940–1991 гг.

В 1997 г. музей был реорганизован. Постановлением Правительства Литовской Республики от 24 марта 1997 г. права учредителя музея были переняты Центром исследования геноцида и резистенции жителей Литвы.

В 1999 г. архитекторы вместе с сотрудниками музея разработали проект экспозиций музея. Поскольку музей основан в историческом здании, при подготовке экспозиций была сохранена предыдущая планировка. Кроме того, разработчики старались оставить без изменений сохранившиеся аутентичные детали, кое-где воссоздать бывшие помещения или их фрагменты. Бывшая внутренняя тюрьма КГБ оставлена полностью аутентичной, вернее такой, какой его оставили сотрудники служб безопасности, покидавшие здание в августе 1991 г.

Уже в 2000 г. по разработанному проекту была открыта экспозиция в помещении, где некогда приводились в исполнение смертные казни.

В 2002 г. начато создавать экспозиций на первом этаже музея – в ноябре была открыта предворительная экспозиция «Литва в 1940–1941 гг.: потери начинаются…». Она установлена в бывшем кабинете заместителя начальника внутренней тюрьмы МГБ (КГБ), поэтому наряду с экспонатами, рассказывающими об оккупации и советизации края, можно осмотреть и воссозданный интерьер кабинета. Работа по обустройству экспозиций на первом этаже музея была завершена в конце 2004 г. после размещения экспозиций, посвященных партизанской войне 1944–1953 гг.

В 2006 г. на втором этаже музея были размещены экспозиции, посвященные заключению жителей Литвы в ГУЛАГе в 1944–1956 гг., ссылкам 1944–1953 гг. и деятельности КГБ в 1954–1991 гг. В 2007 г. для посетителей двери распахнула последняя экспозиция на втором этаже, посвященная гражданскому (невооруженному) антисоветскому сопротивлению 1954–1991 гг. В двух помещениях второго этажа также воссозданы бывшие интерьеры – за стеклянной перегородкой экспонируется фотолаборатория КГБ и кабинет прослушивания телефонных разговоров.

После установки экспозиций, посвященных советской оккупации, появилась возможность подготовить экспозицию о периоде нацистской оккупации Литвы. Такая экспозиция была установлена в 2011 г. в 3-й камере бывшей внутренней тюрьмы КГБ, где после полихромного исследования были обнаружены записи узников гестапо, датированные 1942-1944 годами.

В состав Музея оккупаций и борьбы за свободу входят следующие музейные подразделения – Мемориальный комплекс парка покоя Тускуленай в Вильнюсе и Друскининкайский музей сопротивления и ссылки.

Зданию, в котором расположен Музей оккупаций и борьбы за свободу, более 100 лет. В его истории отразились сложнейшие исторические события конца XIX в.–начала XX в. в Литве. Большое здание неоклассических форм и эклектичного декора стало в сознании литовцев символом оккупационной власти. В ней почти все время действовали административные учреждения властей, оккупировавших Литву.

Здание построено в конце XIX-го века для судов Виленской губернии, Российской империи. Его спроектировали архитектор Михаил Прозоров и инженер Леонидас Винер по эскизам петербургского академика Василия Прусакова. Строительные работы были завершены в 1899 году, и 13 октября здание было торжественно освящено.

Когда началась Первая мировая война, а точнее в 1915 году, территория Литвы была оккупирована немецкой армией. В здании располагались различные немецкие оккупационные учреждения. Считается, что еще до войны, в 1914 году, вдоль улицы Ауку была построена пристройка, где сейчас находится музей. После благоприятной международной обстановки 16 февраля 1918 года Литва объявила себя независимым государством. В ноябре 1918 года здании (в то время пр. Шв. Юргиса, 36) располагался пункт призыва добровольцев Литовской армии, Вильнюсская городская комендатура.

Однако едва сформированная литовская армия не смогла защитить Вильнюс от наступающих большевиков. В январе 1919 года Вильнюс был оккупирован Красной Армией, и в здании располагался комиссариат большевистского правительства Винцаса Капсукаса, революционный трибунал. Но их существование было недолгим. После захвата Вильнюса Польшей здание было передано судам польских оккупационных властей. До осени 1939 года здесь работали суды Виленского воеводства. Здесь судили видных литовских деятелей, сопротивлявшихся аннексии. Во время польского правления, в 1929 году, на нынешней улице Васарио 16-ос была построена новая трехэтажная пристройка. С тех пор серьезных реконструкций здания не проводилось.

После оккупации Литвы Советским Союзом в здании располагались советские органы безопасности. С осени 1940 года здесь действовало Вильнюсское управление Народного комиссариата внутренних дел (НКВД), а с весны 1941 г. – и Народный комиссариат государственной безопасности (НКГБ). В подвале здания была оборудована тюрьма. Во время нацистской оккупации (1941-1944) в здании располагались штабы немецкой тайной полиции (гестапо) и службы безопасности (СД), тюрьма, казармы Виленского особого отряда. Здесь допрашивали, сажали в тюрьму и убивали людей, несогласных с нацистами. В 1944 году после второй оккупации Литвы Советским Союзом в здание вернулись органы советской безопасности — НКГБ, затем МГБ, КГБ. Начался новый этап террора против населения Литвы. В этом здании планировались операции против литовских партизан, согласовывались планы депортации жителей, заключались в тюрьму, допрашивались и подвергались пыткам лица, совершившие преступления против Советов. В подвале здания оборудованной ростральной камере до 1969 года исполнять смертные приговоры. Советские органы безопасности размещалась в этом здании до осени 1991 года.

Сегодня в здании расположены несколько учреждений: Музей оккупаций и борьбы за свободу, Специальный архив Литвы, где хранятся документы бывшего архива КГБ, Центр Исследования Геноцида и Резистенции жителей Литвы, суды.