Задача музея – собирать, сохранять, исследовать и распространять исторически-документальный материал, отражающий формы и методы физического и духовного геноцида литовского населения, осуществленного советским оккупационным режимом, методы и степень сопротивления оккупации, а также увековечить память жертв советского геноцида и борцов за свободу.

В настоящее время в фондах музея храниться более 144 тысяч экспонатов. Они исследуются, оцифровываются и вводятся в компьютерный учет. Материалы фондов музея могут использовать как граждане Литвы, так и зарубежных стран, которые проводят научные исследования, готовят публикации, выставки, осуществляют культурную и просветительскую деятельность, связанную с освещением истории оккупации Литвы.

Посетители музея могут принять участие в обзорной экскурсии по всем экспозициям музея, выбрать тематическую экскурсию и узнать больше об истории бывшей внутренней тюрьмы КГБ, девятилетней партизанской войне, заключении жителей Литвы в лагеря, принудительной жизни в ссылке. Посетители могут выбрать аудиогид и самостоятельно ознакомиться с экспозициями музея.

Образовательная программа «Открытая история», подготовленная сотрудниками музея, предлагает школьникам образовательные занятия, экскурсии и просмотры документальных фильмов.

В конференц-зале музея проводятся тематические вечера, презентации выставок, показы художественных и документальных фильмов.

Подготовленные сотрудниками музея передвижные выставки экспонируются не только в Литве, но и за рубежом.