В 1992 году, когда в бывшем здании КГБ ЛССР был открыт музей, среди богатого документального материала, оставленного советскими силовиками, были обнаружены фотографии офицеров Независимой Литовской армии. Поначалу не предполагалось формирование отдельного фонда Независимой Литвы. Немного позже, когда отдельные лица в дар музею стали передавать фотографии межвоенного периода, зная, что значительная часть литовских военных была репрессирована, а некоторые участвовали в партизанской борьбе против советских оккупантов, было решено начать сбор нового фонда фотографий и документов на тему периода независимой Литвы.

Фотографии составляют самую большую группу экспонатов этой коллекции. Одной из первых ценностей, пополнивших коллекцию, стали фотографии похорон погибших легендарных литовских летчиков Степонаса Дарюса и Стасиоса Гиренаса в Каунасе. Коллекция пополнена фотографиями литовских политиков и государственных деятелей, руководства литовской армии, военных служб – пехоты, кавалерии, артиллерии, солдат и офицеров военной авиации, офицеров того времени, будущих руководителей партизанской войны, военной техники армии, подаренной лицами и приобретенные музеем. Сохранилась коллекция фотографий, принадлежащая литовскому военному деятелю, полковнику Генерального штаба Константинасу Дулкснису, уникальный фотоальбом VI форта Каунасской крепости и сотрудников действовавшей там военной тюрьмы. Собраны фотографии репрессированных выдающихся литовских священнослужителей. Работы фотографов межвоенного периода, запечатлевших людей и их жизнь в литовских городах и деревнях.

Число экспонатов, отнесенных к письменной группе, невелико. Это коллекция гербов литовских городов и поселков, нарисованная художником, археологом, музееведом Тадасом Даугирдасом. Собрание открыток, посвящённых национальными и религиозным праздникам, молитвенники, картинки с изображением святых.

В группу документов входят паспорта граждан Литовского государства, удостоверения личности, свидетельства о рождении, учебные тетради старшеклассников, удостоверения, служебные листы Вооруженных сил Литвы, летные книжки пилотов.

В фонде так же собраны экспонаты, относящиеся к группе предметов: одежда литовских политиков и государственных деятелей, государственные награды, значки Союза стрелков, скульптура знака «Витис», картины.

Основу этой коллекции составляют исторические материалы, переданные музею пережившими ссылку, заключение в лагерях и тюрьмах Советского Союза или их родственниками, собранные во время экспедиций и приобретенные музеем. Фонда состоит из фотографий, сочинений, документов, экспонатов, относящихся к группе предметов. Фонд постоянно пополняется. Музей обязуется надлежащим образом хранить переданные экспонаты и при необходимости реставрировать или сохранять их. Важнейшая задача — максимально использовать экспонаты, используя их в музейных экспозициях, организуя передвижные и виртуальные выставки, публикации, передавая их другим музеям.

Большую часть коллекции составляют отдельные фотографии и альбомы. К ним относятся моменты повседневной жизни ссыльных или политических заключенных: описания мест ссылки и заключения, панорама поселений, моменты труда и отдыха, радости свадеб и крещений, горесть похоронных процессий, территория лагеря, окруженная колючим забором, скромный интерьер бараков, рабочие бригады, насыщенный досуг политзаключенных в условиях ограничения свободы. Особо ценныими и редкими являются фотографии 1941 г., сохранившиеся ссыльными из Якутии, Коми, Новосибирской и Томской областей, Алтайского края. Фотографии отражают стремление людей, переживших тяжелую судьбу, не только выжить, но и сохранить культурные, национальные и религиозные традиции.

Письменное собрание включает дневники, письма, самодельные открытки, сборники стихов и песен, самодельные молитвенники, рисунки из ссылок, лагерей и тюрем. Особую ценность представляют дневники, письма, написанные в вагонах еще в Литве и дошедшие до родственников, а также письма на березе, отправленные ссыльным, находящимся в лагере, своей семье в ссылке. Эти письма в 2015 год были включены в литовский национальный реестр программы ЮНЕСКО «Память мира».

В группу документов, хранящихся в фонде, входят документы личного характера: временные удостоверения личности (выданные в ссылке вместо паспортов), трудовые книжки и характеристики, документы об окончании учебного заведения, похвальные грамоты, хлебные карточки и талоны на питание, медицинские справки, справки об освобождении из ссылки или лагеря, проездные билеты домой, письма различных учреждений, запрещающие или ограничивающие возможность бывшим ссыльным и политзаключенным регистрироваться, устраиваться на работу или учиться.

Группа предметов фонда состоит из подлинных, преимущественно самодельных экспонатов. Их можно разделить на несколько категорий: работа, быт, отдых, религиозные обряды и реликвии исторической памяти. Это различные рабочие инструменты: от топора, рубанка, пилы до рыболовных сетей, швейной машинки и иглы; предметы быта от посуды из березовой коры до металлических ложек и терок; от вязаных крючком штор и скатертей до тщательно вышитых настенных дорожек и крошечных салфеток; от сувенирных коробок для писем, украшенных национальной символикой, расчесок и зеркал до дорожных чемоданов; от хлебных четок в тюремной камере или вышитой рыбьими костями поздравительной открытки, называемой визиткой, до богослужебных сосудов, тайно отлитых в лагерной мастерской; от валенок и телогрейки до надгробного креста или мемориальной доски с запечатленным на нем номером погибшего узника.

Фонд начал формироваться только после основания музея. Он основан на историко-документальном материале, найденном в центральном здании КГБ в Вильнюсе. Это конфискованные у партизан, их связных или сторонников документы, фотографии и публикации, не приобщенные к уголовным делам – скорее всего потому, что они уже не были нужны для доказательства вины подсудимых. Часть этого материала была отсортирована, остальное хранилось в разбросанном виде. Фонд обильно пополняется  подаренными жителями экспонатами, экспонатами, найденными в ходе экспедиций, купленными, найденными в ходе археологических раскопок и переданными другими организациями. В фонде материал структурирован по группам экспонатов: фотографии, письменные экспонаты, документы, предметы.

История войны литовских партизан против советских оккупантов неотделима от фотографий, отражающих эти бои. Они составляют большую часть фонда. На фотографиях запечатлены борцы за свободу, их связные и сторонники всех партизанских округов, действующих в Литве. Увековечены партизанские собрания, съезды, моменты награждений, быта, жилья, свободного времени, моменты прощания с товарищами. Исключительным экспонатом коллекции является фотоальбом, созданный в 1950 году, который партизаны округа Тауро преподнесли Адольфу Раманаускасу-Ванагасу в качестве подарка.

К сожалению, партизанские фотографии нередко попадали в руки советской безопасности. Большинство из них были найдены в бывшем центральном дворце КГБ в Вильнюсе — так называемой комнате вещественных доказательств и библиотеке. Чекисты тщательно нумеровали лица на фотографиях, а следователи, пытая арестованных, старались сделать все, чтобы узнать имена, фамилии, прозвища пленных боевиков, узнать их родственников. Для этого была составлена картотека партизанских фотографий, часть из которых осталась в музее. В коллекции собраны изображения, отражающие жестокую сторону литовских борцов за свободу – фотографии погибших и оскверненных партизан. Такое поведение должно было удержать жителей Литвы от сопротивления оккупационному режиму. Осквернение тел имело и другую цель – так охрана стремилась выяснить родных и близких погибших партизан и тех, кто контактировал с участниками антисоветского подполья.

Литовские борцы за свободу продолжали традиции литовской армии, поэтому действовали как военная организация, регламентировавшая свою деятельность документами. Об этом свидетельствуют хранящиеся в коллекции партизанские приказы, донесения, письма, благодарности, награды и т.д. Документы подтверждают тот факт, что подпольная структура партизанской деятельности охватывала почти всю Литву. В 1949 году из отдельных подразделений постепенно сформировался единый военно-административный аппарат партизанского правительства, под названием «Движение борьбы за свободу Литвы». Эта организация издавала свои уставы, экономические и судебные положения, разведывательные инструкции, готовила проекты партизанских наград и знаков различия. В документах зафиксирована реальность жизни литовских борцов за свободу: происходившие бои, отличившиеся в боях партизаны, потери бойцов, назначения должностных лиц, формирование или расформирование организационных единиц, быт партизаны, проблемы взаимоотношений.

Наиболее ценную группу экспонатов составляют элементы партизанской формы: нашивки, нарукавные повязки, самодельные кокарды. Важную часть коллекции составляют экспонаты, найденные в ходе экспедиций, а также находки, найденные при археологических исследованиях партизанских бункеров. Археологические находки можно разделить на несколько категорий: элементы вооружения, детали униформы с национальной символикой, предметы партизанского быта, предметы личной гигиены, предметы культурного и религиозного назначения. В комплекте хранится разведывательное оборудование западных десантных групп: генераторы, устройства радиосвязи, передатчики, приемники и т.д.

В группу письменных экспонатов входят обращения партизан к жителям, газеты, стихи, песенные сборники, мемуары. В музее хранятся тетради рукописных воспоминаний лидера партизан Адольфа Раманаускаса-Ванагаса, дневник партизана Андрюса Жемайтиса, а также партизанские очерки о боях и павших товарищах. Красочная часть коллекции — партизанские сатирические издания, карикатуры, которыми борцы за свободу скрашивали свои будни. Фонд прессы состоит из более тридцати наименований газет и журналов, а также непериодических изданий.

Основу этого фонда составляют материалы, конфискованные КГБ у диссидентов или симпатизировавших им граждан в советское время: книги, подпольные издания, документы. Набор постоянно пополняется.

В группе документов содержатся заявления подпольных организаций и обращения к правительству Советского Союза, различным международным организациям. Одним из наиболее интересных экспонатов является требование литовских католиков вернуть национализированную Клайпедскую церковь Королевы Мира, которое подписали 143 869 верующих. Этот запрос, датированный 1979 годом, и который был отправлен Леониду Брежневу, Председателю Президиума Верховного Совета СССР, оказался в ящиках КГБ. Другая значительная часть этой группы — справки сотрудников КГБ о конфискованной подпольной прессе.

Группа фотографий в основном содержит моменты, запечатленные на камеру в период возрождения. Некоторые из них были сделаны сотрудниками КГБ — они фиксировали несанкционированные собрания, первые митинги Саюдиса. Не занимаясь преследованием демонстрантов, сотрудники КГБ фотографировали участников митингов и записывали их выступления. На некоторых фотографиях участники митингов пронумерованы и опознаны сотрудниками КГБ.

Группа предметов немногочисленная, но очень разнообразная. Здесь хранятся личные вещи участников невооруженного сопротивления, конфискованная КГБ национальная символика, пишущие машинки, другие запрещенные предметы, плакаты и транспаранты 1988–1990 гг., используемые на митингах, оружие защитников парламента и личные реликвии.

Самая большая группа коллекции — письменная. Большую её часть составляют подпольные периодические издания и другая самоизданная литература, конфискованная у диссидентов или людей, сочувствовавших им в советское время. В настоящее время в музее хранится более 3000 единиц только подпольной периодики: почти все номера «Хроники Литовской Католической церкви», подпольных журналов и газет «Аушра», «Витис», «Рупинтожелис», «Альма-матер», «Диевас ир Тевине», «Путь истины» и другие. Отдельную часть составляют непериодические издания.

В фонде представлены как оригинальные, так и переводные самостоятельно изданные тексты различного жанра (от стихов, художественных произведений до социальных, религиозных или этических исследований) и объема (от отдельных листов до брошюр и книг). Их производили и воспроизводили различными способами: печатью на пишущей машинке, копированием на различных копировальных аппаратах, самодельными станками, фотокопированием и даже печатью на типографских устройствах. В коллекции также представлены личные архивы членов Лиги свободы Литвы, Хельсинкской группы, Инициативной группы Саюдиса, которые содержат большое количество фотографических, письменных и документальных материалов.

Значительную часть составляют архивы разных организаций 1990–1991 года. Аудиозаписи передач литовского радио, документы и фотографии инициативной группы Саюдиса Клайпеды, архивы митингов и прессы периода Саюдиса.

Большую часть коллекции, отражающей деятельность советских репрессивных органов, составляют в 1992 гоу в бывшем зданий КГБ обнаруженые предметы, фотографии, документы, книги. Ценные экспонаты были обнаружены в бывшем музее «Чекистской славы», помещениях Оперативно-технического отдела, специальной библиотеки, фотолаборатории и кабинетах сотрудников КГБ. Экспонаты переданы музею специальным архивом Литвы, частными лицами, часть из них приобретена. Фонд состоит из следующих групп экспонатов: документы, писменность, фотографии, предметы.

В группу экспонатов документов и писменности входят различные служебные удостоверения сотрудников КГБ, разрешения на мероприятия и льготы. Хранятся также неполные документы регистрации актов гражданского состояния – свидетельства о рождении, которые могли быть использованы сотрудниками или агентами КГБ для создания легенд. Довольно большую часть этой группы коллекции составляет продукция типографии КГБ: бланки различных документов, разрешения, папки, почетные грамоты, памятные открытки с символикой комитета. В сборнике представлена различная учебная литература КГБ, отдельные и периодические издания, знакомившие советских чекистов с текущей работой того времени и анализировавшие вопросы разведки и контрразведки.

Экспонаты фотогруппы – из бывшего Музея чекистской славы. В них увековечены руководители КГБ, рядовые офицеры, награды «заслуженных» чекистов, праздники и будни сотрудников. В коллекцию также вошли схемы структур партизанских отрядов и различных антисоветских организаций, планы операций, организованных чекистами, а также учебные фотоальбомы, знакомящие с тонкостями маскировки офицеров КГБ, с использованием специального оборудования.

Наиболее интересную часть группы экспонатов представляет частично сохранившийся инвентарь в помещениях здания КГБ. Это оборудование комнаты прослушивания телефонных переговоров: пульты операторов, магнитофоны, наушники, шкаф центрального распределения; фотолабораторное оборудование: портативные копировальные аппараты, оборудование для просмотра микрофильмов, лупы. Сохранилось также немалое количество инвентаря, находившегося в других кабинетах чекистов: столы, шкафы, стулья, сейфы, портреты идеологов, гербы СССР и ЛССР, пишущие машинки, телефоны, настольные лампы и т. Интересное оборудование Оперативно-технического отдела, используемое для установки «жучков» устройств скрытого прослушивания, проверки почты и других целей.