Okupacijų ir laisvės kovų muziejus (anksčiau – Genocido aukų muziejus) įsteigtas Lietuvos Respublikos kultūros ir švietimo ministro bei Politinių kalinių ir tremtinių sąjungos prezidento 1992 m. spalio 14 d. įsakymu. Pirmuoju direktoriumi paskirtas istorikas Gintaras Vaičiūnas.

Muziejus įrengtas pastate, kuriame beveik penkiasdešimt metų veikė sovietinės saugumo tarnybos, pasauliui geriausiai žinomos kaip KGB. Lietuvos žmonėms šis pastatas yra sovietinės okupacijos simbolis, todėl labai svarbu, kad kaip tik jame įkurtas muziejus, turintis dabartinei kartai priminti, o ateinančioms – papasakoti apie sunkius ir tragiškus Lietuvai ir jos žmonėms 1940–1991 m.

1997 m. muziejus reorganizuotas. Lietuvos Respublikos Vyriausybės 1997 m. kovo 24 d. nutarimu „Dėl Represijų Lietuvoje tyrimo centro ir Genocido aukų muziejaus perdavimo Lietuvos gyventojų genocido ir rezistencijos tyrimo centrui“ muziejaus steigėjo teises perėmė Lietuvos gyventojų genocido ir rezistencijos tyrimo centras (LGGRTC). Muziejus yra šio Centro Memorialinio departamento dalis.

Pirmaisiais muziejaus gyvavimo metais lankytojai galėjo apžiūrėti tik buvusį KGB vidaus kalėjimą, įrengtą pastato rūsyje 1940 m. rudenį (kameras, karcerius, pasivaikščiojimo kiemelius). 1999 m. kūrybingi architektai kartu su muziejaus darbuotojais parengė muziejaus ekspozicijų projektą. Kadangi muziejus įkurtas istoriniame pastate, rengiant ekspozicijas buvo nutarta palikti ankstesnį išplanavimą, išsaugoti išlikusias autentiškas detales, kai kur atkurti buvusias patalpas ar jų fragmentus. Buvusį KGB vidaus kalėjimą nuspręsta palikti visai autentišką, tiksliau, tokį, kokį jį paliko sovietų saugumiečiai išsikraustydami iš pastato 1991 m. rugpjūtį.

Pirmoji ekspozicija, parengta pagal naująjį projektą, buvo atidaryta 2000 m. birželio 24 d. buvusioje mirties nuosprendžių vykdymo patalpoje. Joje eksponuojama medžiaga supažindina lankytojus su XX a. 5–7 dešimtmečiais vykdytomis egzekucijomis, jų aukomis ir budeliais.

2002 m. pradėta rengti ekspozicijas pirmajame muziejaus aukšte – lapkričio mėn. buvo atidaryta įvadinė ekspozicija „Lietuva 1940–1941 m.: netektys prasideda…“ Ji įrengta buvusiame MGB (KGB) vidaus kalėjimo viršininko pavaduotojo kabinete, todėl greta eksponatų, pasakojančių apie krašto okupaciją ir sovietizaciją, galima apžiūrėti ir atkurtą šio kabineto interjerą. Ekspozicijų rengimas pirmajame muziejaus aukšte buvo baigtas 2004 m. pabaigoje, įrengus ekspozicijas, skirtas partizaniniam karui 1944–1953 m.

2006 m. antrajame muziejaus aukšte buvo įrengtos ekspozicijos, skirtos supažindinti su Lietuvos gyventojų kalinimu gulage 1944–1956 m., trėmimais 1944–1953 m. ir KGB veikla 1954–1991 m. 2007 m. lankytojams duris atvėrė paskutinė antrojo aukšto ekspozicija, pasakojanti apie pilietinį (neginkluotą) antisovietinį pasipriešinimą 1954–1991 m. Dvejose antrojo aukšto patalpose taip pat atkurti buvę interjerai – už stiklo pertvarų eksponuojama KGB fotolaboratorija ir telefoninių pokalbių klausymosi kabinetas.

Įrengus ekspozicijas, skirtas sovietų okupacijai, atsirado galimybė parengti ekspoziciją ir apie nacių okupacijos laikotarpį Lietuvoje. Tokia ekspozicija įrengta 2011 m. buvusio KGB vidaus kalėjimo 3-iojoje kameroje, kurioje, atlikus polichrominius tyrimus buvo rasti gestapo kalintų žmonių įrašai, datuojami 1942–1944 m.

Okupacijų ir laisvės kovų muziejus turi šiuos muziejinius padalinius – Tuskulėnų rimties parko memorialinį kompleksą Vilniuje ir Druskininkų rezistencijos ir tremties muziejų.

Pastatui, kuriame įkurtas Okupacijų ir laisvės kovų muziejus (anksčiau – Genocido aukų muziejus), daugiau nei 100 metų. Jame atsispindi sudėtingi XIX a. pabaigos –XX a. pradžios Lietuvos istorijos įvykiai. Didelis neoklasicizmo formų ir eklektinio dekoro pastatas lietuvių tautos sąmonėje tapo okupacinių valdžių simboliu. Jame beveik visą laiką veikė Lietuvą okupavusių valdžių administracinės įstaigos.

Pastatas statytas XIX a. pabaigoje Rusijos imperijos Vilniaus gubernijos teismams. Jį projektavo architektas Michailas Prozorovas ir inžinierius Leonidas Vineris, vadovaudamiesi peterburgiečio akademiko Vasilijaus Prusakovo eskizais. Statybos darbai buvo baigti 1899 m., o spalio 13 d. pastatas iškilmingai pašventintas. Jame įsikūrė Vilniaus apygardos teismas ir Teismo rūmai. Šiuose teismo rūmuose buvo teisiami mūsų knygnešiai Juozas Račiūga, Vladislovas Šatas, Nikodemas Mačernis ir kt. Jie veikė iki Pirmojo pasaulinio karo, tiksliau, iki 1915 m., kai Lietuvos teritoriją užėmė vokiečių kariuomenė. Tuomet pastate įsikūrė įvairios vokiečių okupacinės valdžios įstaigos. Manoma, kad dar prieš karą, 1914 m., buvo pastatytas priestatas palei Aukų gatvę, kuriame dabar yra įsikūręs muziejus. Palankiai susiklosčius tarptautinei situacijai, 1918 m. vasario 16 d. Lietuva pasiskelbė nepriklausoma valstybe. 1918 m. lapkričio mėn. buvusiame Teismo rūmų pastate (tuomet Šv. Jurgio pr. 36) įsikūrė Lietuvos kariuomenės savanorių šaukimo punktas, Vilniaus miesto komendantūra.

Tačiau vos įsikūrusi Lietuvos kariuomenė neįstengė apginti Vilniaus nuo puolančių bolševikų. 1919 m. sausio mėn. Vilnių užėmė Raudonoji armija ir pastate įsikūrė bolševikinės Vinco Kapsuko vyriausybės komisariatai, revoliucinis tribunolas. Bet ir jų egzistavimas buvo neilgas. Vilniaus kraštą užgrobus Lenkijai, pastatas atiteko lenkų okupacinės valdžios teismams – iki pat 1939 m. rudens čia veikė Vilniaus vaivadijos teismai. Čia buvo teisiami žymūs lietuvybės veikėjai, priešinęsi lenkinimui. Lenkų valdymo metais, 1929-aisiais, buvo pastatytas naujas triaukštis priestatas dabartinėje Vasario 16-osios gatvėje. Nuo tada didesnių pastato pertvarkymų nebebuvo.

Lietuvą okupavus Sovietų Sąjungai, pastate įsikūrė sovietinės saugumo įstaigos. Nuo 1940 m. rudens čia veikė Vidaus reikalų liaudies komisariato (NKVD) Vilniaus valdyba, o nuo 1941 m. pavasario – ir Valstybės saugumo liaudies komisariatas (NKGB). Pastato pusrūsyje buvo įrengtas kalėjimas. Nacių okupacijos metais (1941–1944) pastate buvo vokiečių slaptosios policijos (gestapo) ir saugumo tarnybos (SD) būstinė, kalėjimas, Vilniaus ypatingojo būrio kareivinės. Čia buvo tardomi, kalinami ir žudomi naciams neįtikę asmenys. 1944 m. Sovietų Sąjungai antrą kartą okupavus Lietuvą, pastatas vėl atiteko sovietiniam saugumui NKGB vėliau MGB, KGB. Prasidėjo naujas teroro prieš Lietuvos gyventojus etapas. Šiame pastate planuotos operacijos prieš Lietuvos partizanus, derinti gyventojų trėmimo planai, kalinti, tardyti, kankinti sovietam prasikaltę asmenys.

Pastato rūsyje įrengtoje šaudymo kameroje iki 1969 m. vykdyti mirties nuosprendžiai. Sovietų saugumas šiame pastate šeimininkavo iki 1991 m. rudens.

Šiandien pastate yra įsikūrusios kelios institucijos: Okupacijų ir laisvės kovų muziejus, Lietuvos ypatingasis archyvas, kuriame saugomi buvusio KGB archyvo dokumentai, Lietuvos gyventojų genocido ir rezistencijos tyrimo centras ir teismai.