1992 m. buvusio LSSR KGB pastate įkūrus muziejų, tarp gausios sovietinių saugumiečių paliktos dokumentinės medžiagos buvo rasta ir Nepriklausomos Lietuvos kariuomenės karininkų fotografijų. Tačiau iš pradžių nebuvo ketinta formuoti atskiro Nepriklausomos Lietuvos rinkinio. Kiek vėliau, pavieniams asmenims pradėjus dovanoti muziejui tarpukario laikotarpio fotografijas, žinant, kad nemaža dalis lietuvių karininkijos buvo represuota, dalis dalyvavo partizaninėje kovoje prieš sovietinius okupantus, nuspręsta pradėti kaupti naują dokumentų rinkinį Nepriklausomos Lietuvos laikotarpio tematika.

Fotografijos sudaro gausiausią šio rinkinio eksponatų grupę. Viena pirmųjų rinkinį papildžiusių vertybių buvo žuvusių legendinių Lietuvos lakūnų Stepono Dariaus ir Stasio Girėno laidotuvių Kaune nuotraukos. Rinkinys gausinamas pavienių asmenų dovanotomis, muziejaus pirktomis Lietuvos politikų ir valstybės veikėjų, Lietuvos kariuomenės vadovybės, kariuomenės tarnybų – pėstininkų, kavalerijos, artilerijos, karo aviacijos karių bei karininkų, tuometinių karininkų, būsimų partizaninio karo lyderių, kariuomenės karo technikos fotografijomis. Saugomas Lietuvos kariniam veikėjui, Generalinio štabo pulkininkui Konstantinui Dulksniui priklausiusių fotografijų rinkinys, unikalus Kauno tvirtovės VI forto ir jame veikusio karo kalėjimo darbuotojų nuotraukų albumas. Renkamos represuotų žymių Lietuvos dvasininkų fotografijos, Lietuvos miestų bei miestelių žmones bei jų gyvenimą fiksavusių tarpukario fotografų kūriniai.

Raštijos grupei prisikariamų eksponatų skaičius nėra gausus. Tai yra dailininko, archeologo, muziejininko Tado Daugirdo pieštų Lietuvos miestų bei miestelių herbų rinkinys, agitaciniai, tautinėms, religinėms šventėms ir kitoms atmintinoms datoms skirti atvirukai, maldaknygės, šventi paveikslėliai.

Dokumentų grupei priklauso Lietuvos valstybės piliečių pasai, asmens liudijimai, gyventojų gimimo metrikos, aukštųjų mokyklų studentų studijų knygelės, pažymėjimai, Lietuvos kariuomenės tarnybos lapai, lakūnų skraidymo knygelės.

Rinkinyje saugomi Daiktų grupei priskiriami eksponatai: Lietuvos politikų ir valstybės veikėjų drabužiai, valstybiniai apdovanojimai, Šaulių sąjungos ženkleliai, Vyties ženklo skulptūrėlė, paveikslai.

Šio rinkinio pagrindą sudaro tremtį, kalinimą Sovietų Sąjungos lageriuose ar kalėjimuose išgyvenusiųjų ar jų artimųjų muziejui perduota, ekspedicijų metu surinka, muziejaus įsigyta istorinė medžiaga. Rinkinį sudaro nuotraukų, raštijos, dokumentų, daiktų grupei priklausantys eksponatai. Rinkinys nuolat pildomas. Perduotus eksponatus muziejus įsipareigoja tinkamai saugoti, esant būtinybei – restauruoti ar konservuoti. Svarbiausias uždavinys – kuo daugiau gaunamų eksponatų įveiklinti naudojant juos muziejaus ekspozicijose, rengiamose kilnojamosiose ir virtualiose parodose, leidiniuose, deponuojant kitiems muziejams.

Didžiausią rinkinio dalį sudaro pavienės fotografijos ir albumai. Juose – tremtinių ar politinių kalinių kasdienybės akimirkos: tremties ir kalinimo vietų gamta, gyvenviečių panorama, darbų ir laisvalaikio momentai, vestuvių ir krikštynų džiaugsmai, laidotuvių procesijos; spygliuota tvora aptverta lagerio teritorija, kuklus barako vidus, darbo brigados, suvaržytos laisvės sąlygomis vykstantis turiningas politinių kalinių laisvalaikis. Ypač vertingos ir retos 1941 m. tremtinių išsaugotos nuotraukos iš Komijos ASSR, Novosibirsko ir Tomsko sričių, Altajaus kašto, Jakutijos ASSR. Fotografijos atspindi sunkų likimą išgyvenusių žmonių siekį ne tik išlikti, bet ir išlaikyti šeimos įdiegtas kultūrines, tautines ir religines tradicijas.

Rinkinio raštijoje – dienoraščiai, laiškai, savadarbiai atvirukai, eilėraščių ir dainų rinkiniai, savadarbės maldaknygės, piešiniai iš tremties, lagerių, kalėjimų. Ypač vertingi dienoraščiai, laiškai, parašyti vagonuose dar Lietuvoje ir pasiekę artimuosius, taip pat laiškai ant beržo tošies, dažniausiai lageryje kalinčio asmens siųsti šeimai, esančiai tremtyje. Pastarieji 2015 m. buvo įtraukti į UNESCO programos „Pasaulio atmintis“ Lietuvos nacionalinį registrą.

Rinkinyje saugomų dokumentų grupę sudaro asmens dokumentai: laikinieji asmens liudijimai (išduoti tremtyje vietoje paso), darbo knygelės ir charakteristikos, švietimo įstaigų baigimo dokumentai, pagyrimo raštai, duonos kortelės ir maisto talonai, medicininės pažymos, paleidimo iš tremties ar lagerio pažymos, kelionės bilietai namo, įvairių įstaigų raštai, draudžiantys arba ribojantys buvusių tremtinių ir politinių kalinių galimybę prisiregistruoti, gauti darbą ar mokytis.

Rinkinio daiktų grupę sudaro autentiški, dažniausiai savadarbiai eksponatai. Juos galima klasifikuoti į keletą kategorijų: darbo, buities, laisvalaikio, religinių apeigų ir istorinės atminties reliktų. Tai įvairūs darbo įrankiai nuo kirvio, obliaus, pjūklo iki žvejų tinklų, siuvimo mašinos ir adatos; namų apyvokos daiktai nuo indų iš beržo tošies iki metalinių šaukštų ir tarkų; nuo nertų užuolaidų ir staltiesių iki skrupulingai siuvinėtų sieninių takelių ir mažyčių servetėlių; nuo tautine simbolika puoštų suvenyrinių dėžučių laiškams, šukų ir veidrodėlių iki kelioninių lagaminų; nuo kalėjimo kameroje iš duonos pasidaryto rožančiaus ar žuvies ašaka siuvinėto sveikinimo atviruko, vadinamo vizitėle, iki lagerio dirbtuvėse slapta išlietų liturginių indų Šv. Mišių aukai; nuo veltinių ir vatinuko iki antkapinio kryžiaus ar lentelės su įspaustu mirusio kalinio numeriu.

Rinkinys pradėtas formuoti tik įkūrus muziejų. Jo pagrindą sudaro centriniuose KGB rūmuose Vilniuje rasta istorinė dokumentinė medžiaga. Tai iš partizanų, ryšininkų ar rėmėjų saugumiečių konfiskuoti dokumentai, nuotraukos, leidiniai, kurie nebuvo pridėti prie baudžiamųjų bylų – matyt, kaip nebereikalingi teisiamųjų kaltei įrodyti. Dalis šios medžiagos saugumiečių buvo surūšiuota, kita – saugota padrika. Rinkinys gausiai papildytas gyventojų atneštomis, ekspedicijų metu rastomis, įsigytomis, archeologinių kasinėjimų metu rastomis, kitų organizacijų perduotomis muziejinėmis vertybėmis. Rinkinyje medžiaga grupuojama į eksponatų grupes: nuotraukos, raštija,dokumentai, daiktai.

Lietuvos partizanų karo su sovietų okupantais istorijos neatsiejamos su šias kovas atspindinčiomis nuotraukomis. Jos sudaro didelę rinkinio dalį. Nuotraukose užfiksuoti visų Lietuvoje veikusių partizanų apygardų laisvės kovotojai, ryšininkai ir rėmėjai. Įamžintos partizanų rikiuotės, suvažiavimai, apdovanojimų akimirkos, buitis, būstas, laisvalaikis, atsisveikinimo su bendražygiais akimirkos. Išskirtinis rinkinio eksponatas – nuotraukų albumas, kurį 1950 m. Tauro apygardos partizanai padovanojo Adolfui Ramanauskui-Vanagui.

Deja, partizanų nuotraukos gana dažnai atsidurdavo sovietų saugumo rankose. Dauguma jų rastos buvusiuose centriniuose KGB rūmuose Vilniuje – vadinamajame daiktinių įrodymų kambaryje ir bibliotekoje. Saugumiečiai nuotraukose esančius asmenis kruopščiai sunumeruodavo, o tardytojai, kankindami suimtuosius, pasistengdavo padaryti viską, kad sužinotų užfiksuotų kovotojų vardus, pavardes, slapyvardžius, įvardytų jų gimines. Tuo tikslu jie sudarinėjo partizanų nuotraukų kartoteką, kurios dalis išliko muziejuje. Rinkinyje saugomi žiaurią Lietuvos laisvės kovotojų dalią atspindintys vaizdai – žuvę ir išniekinti partizanai. Toks elgesys turėjo atgrasyti Lietuvos gyventojus nuo priešinimosi okupaciniam režimui. Kūnų niekinimas turėjo dar vieną tikslą – taip saugumas siekė išsiaiškinti žuvusių partizanų artimuosius, gimines ir tuos, kurie palaikė ryšius su antisovietinio pogrindžio dalyviais.

Lietuvos laisvės kovotojai tęsė Lietuvos kariuomenės tradicijas, todėl veikė kaip karinė organizacija savo veiklą reglamentuodami dokumentais. Tą liudija rinkinyje saugomi partizanų įsakymai, raportai, raštai, Tėvynės pareigų ėjimo lapai, padėkos, apdovanojimai ir pan. Dokumentai patvirtina faktą, jog pogrindinė partizanų veiklos struktūra buvo apėmusi beveik visą Lietuvą. Iš atskirų būrių palaipsniui buvo formuojamas vieningas karinis administracinis partizanų valdžios aparatas, 1949 m. pavadintas Lietuvos laisvės kovos sąjūdžiu (LLKS). Ši organizacija leido savo statutus, ūkio ir teismų nuostatus, žvalgybos instrukcijas, rengė partizanų apdovanojimų ir skiriamųjų ženklų projektus. Dokumentuose užfiksuota Lietuvos laisvės kovotojų gyvenimo realybė: įvykusios kautynės, mūšiuose pasižymėję partizanai, kovotojų netektys, pareigūnų paskyrimai, organizacinių vienetų susiformavimai ar išformavimai, partizanų buitis, tarpusavio santykių problemos. Ypač vertingi rinkinyje saugomi Algimanto, Kęstučio, Prisikėlimo, Tauro apygardų partizanų dokumentų archyvai.

Vertingiausią daiktų eksponatų grupę sudaro partizanų uniformos elementai: autentiški antsiuvai, raiščiai, savadarbiai kepurženkliai. Svarbi rinkinio dalis – ekspedicijų metu rasti eksponatai, taip pat partizanų bunkerių archeologinių tyrimų metu rasti radiniai. Archeologinius radinius galima suskirstyti į kelias kategorijas: ginkluotės elementai, uniformos detalės su tautine simbolika, partizanų buities, asmens higienos daiktai, kultūrinės ir religinės paskirties daiktai. Rinkinyje saugoma Vakarų desanto grupių žvalgybinė įranga: generatoriai, radijo ryšio priemonės, siųstuvai, imtuvai ir kt.

Raštijos eksponatų grupei priklauso partizanų išleisti atsišaukimai, kreipimaisi į gyventojus, laikraštėliai, poezijos, dainų rinkiniai, atsiminimai, partizanų kūryba. Muziejuje saugomi partizanų vado Adolfo Ramanausko-Vanago rankraštinių atsiminimų sąsiuviniai, Prisikėlimo apygardos partizano Andriaus Žemaičio dienoraštis, partizanų rašiniai apie mūšius, žuvusius kovos draugus. Spalvinga rinkinio dalis – partizanų satyriniai leidiniai, karikatūros, kuriais laisvės kovotojai praskaidrindavo savo kasdienybę. Spaudos rinkinį sudaro daugiau kaip trisdešimties pavadinimų laikraščių ir žurnalų, taip pat neperiodiniai leidiniai.

Šio rinkinio pagrindą sudaro sovietmečiu iš disidentų ar jiems prijaučiančių piliečių KGB konfiskuota medžiaga: knygos, pogrindžio leidiniai, dokumentai. Rinkinys yra nuolat pildomas.

Dokumentų grupėje saugomi pogrindžio organizacijų rašyti pareiškimai ir kreipimaisi į Sovietų Sąjungos vyriausybę, įvairias tarptautines organizacijas. Vienas įdomesnių eksponatų – į storą rinkinį surištas Lietuvos katalikų prašymas grąžinti nacionalizuotą Klaipėdos Taikos Karalienės bažnyčią, kurį pasirašė 143 869 tikinčiųjų. Šis prašymas, 1979 m. išsiųstas SSRS Aukščiausiosios Tarybos prezidiumo pirmininkui Leonidui Brežnevui, atsidūrė KGB stalčiuose. Kita didelė šios grupės dalis – KGB darbuotojų pažymos apie konfiskuotą pogrindžio spaudą.

Nuotraukų grupėje daugiausia yra atgimimo laikotarpio fotoaparatu įamžintų akimirkų. Dalis jų daryta KGB darbuotojų – jose užfiksuoti nesankcionuoti susibūrimai, pirmieji Sąjūdžio mitingai. Nesikišdami į mitinguotojų vaikymą, KGB darbuotojai fotografuodavo mitingų dalyvius, užrašinėdavo jų kalbas. Kai kuriose nuotraukose mitingų dalyviai KGB darbuotojų sunumeruoti ir identifikuoti. Nuotraukos, atspindinčios neginkluotąjį pasipriešinimą XX a. 6–9 deš., daugiausia įsigytos iš jo dalyvių.

Daiktų grupė yra negausi, bet labai įvairiapusiška. Joje saugomi asmeniniai neginkluotojo pasipriešinimo dalyvių daiktai, KGB konfiskuoti tautiniai simboliai, rašomosios mašinėlės, kiti draudžiami daiktai, 1988–1990 m. mitinguose naudoti plakatai ir transparantai, parlamento gynėjų ginklai ir asmeninės relikvijos.

Pati gausiausia rinkinio grupė – raštija. Didžiąją jos dalį sudaro sovietmečiu iš disidentų ar jiems prijaučiančių žmonių konfiskuoti pogrindžio periodiniai leidiniai ir kita savilaidos būdu dauginta literatūra. Vien periodinių pogrindžio leidinių šiuo metu muziejuje saugoma daugiau nei 3000 vienetų: beveik visi „Lietuvos Katalikų Bažnyčios Kronikos“ numeriai, pogrindžio žurnalai ir laikraščiai „Aušra“, „Vytis“, „Rūpintojėlis“, „Alma Mater“, „Dievas ir Tėvynė“, „Tiesos kelias“ ir kt. Atskirą grupės dalį sudaro XX a. 7–9 deš. Lietuvoje plitusi neperiodinė savilaida.

Rinkinyje saugomi įvairaus žanro (nuo poezijos, grožinių kūrinių iki socialinių, religinių ar etinių studijų) ir apimties (nuo pavienių lapelių iki brošiūrų ir knygų) tiek originalūs, tiek ir verstiniai savilaidos tekstai. Jie gaminti ir dauginti įvairiomis priemonėmis: spausdinti rašomąja mašinėle, kopijuoti įvairiomis dauginimo mašinomis, savadarbiais aparatais, perfotografuoti ir net spausdinti tipografiniais įrenginiais. Rinkinyje saugomi ir asmeniniai archyvai – Lietuvos laisvės lygos, Helsinkio grupės, 45 pabaltijiečių memorandumo ir Sąjūdžio iniciatyvinės grupės narių, kuriuose gausu fotografinės, raštijos ir dokumentinės medžiagos.

Organizacijų archyvai taip pat sudaro nemažą dalį – muziejuje saugoma 1990–1991 m. Lietuvos radijo laidų garso įrašai, Sąjūdžio Klaipėdos iniciatyvinės grupės dokumentai ir fotografijos, Atgimimo laikotarpio mitingų ir spaudos archyvai.

Sovietinių represinių institucijų veiklą atspindinčio rinkinio didžiąją dalį sudaro 1992 m. KGB pastato patalpose rasti daiktai, nuotraukos, dokumentai, knygos. Vertingų eksponatų rasta buvusiame „Čekistų šlovės“ muziejuje, Operatyvinio techninio skyriaus patalpose, specialiojoje bibliotekoje, fotolaboratorijoje ir KGB darbuotojų kabinetuose. Eksponatus į muziejų yra perdavęs Lietuvos ypatingasis archyvas, privatūs asmenys, dalis jų įsigyta. Rinkinį sudaro šios eksponatų grupės: dokumentai, raštija, nuotraukos, daiktai.  

Dokumentų ir raštijos eksponatų grupę sudaro įvairūs KGB darbuotojų tarnybiniai pažymėjimai, renginių ir lengvatų leidimai. Taip pat saugomi neužpildyti civilinės metrikacijos dokumentai – gimimo liudijimai, kurie galėjo būti naudojami KGB darbuotojų ar agentų kuriant legendas. Gan didelę šios rinkinio grupės dalį sudaro KGB spaustuvės produkcija: įvairių dokumentų blankai, leidimai, bylos, aplankai, garbės raštai, proginiai atvirukai su komiteto simboliais. Rinkinyje saugoma įvairi KGB leista mokomoji literatūra, pavieniai ir periodiniai leidiniai, pažindinę sovietų saugumo pareigūnus su anų dienų darbo aktualijomis, analizavę žvalgybos ir kontržvalgybos klausimus.

Nuotraukų grupei priklausantys eksponatai yra iš buvusio „Čekistų šlovės“ muziejaus. Jose įamžinti KGB vadovai, eiliniai pareigūnai, „nusipelniusių“ čekistų apdovanojimai, saugumiečių šventės ir darbo kasdienybė. Rinkinį taip pat sudaro partizanų junginių ir įvairių antisovietinių organizacijų struktūrų schemos, čekistų organizuotų operacijų planai, mokomieji nuotraukų albumai supažindina su KGB pareigūnų maskavimosi ir specialios technikos naudojimo subtilybėmis. Rinkinys papildomas represinių struktūrų veiklą Lietuvoje liudijančiomis bei sovietmečio tikrovę atskleidžiančiomis fotografijomis.

Įdomiausią daiktų eksponatų grupės dalį sudaro KGB pastato patalpose iš dalies išsaugotas inventorius. Tai – telefono pokalbių klausymosi kabineto įranga: operatorių pultai, magnetofonai, ausinės, centrinė paskirstymų spinta; fotolaboratorijos įranga: portatyviniai foto kopijavimo įrenginiai, mikrofilmų peržiūros aparatūra, didintuvai. Nemažai išliko ir kituose saugumiečių kabinetuose buvusio inventoriaus: stalų, spintų, kėdžių, seifų, ideologų portretų, SSRS ir LSSR herbų, rašomųjų mašinėlių, telefonų, stalinių lempų ir pan. Rinkinyje saugoma KGB ministro pavaduotojo gen. A. Gailevičiaus vilkėta uniforma bei XX a. 9 deš. KGB karininkų ir kareivių vilkėta apranga. Sukaupta didelė spaudų, skirtų kabinetams, seifams bei pašto siuntoms anspauduoti, kolekcija. Įdomi Operatyvinio techninio skyriaus aparatūra, naudota slaptų pasiklausymo priemonių „blakių“ montavimui, pašto siuntų peržiūrai ir kitiems tikslams.