1944 m. vasarą, Sovietų Sąjungai antrą kartą okupavus Lietuvą, prievarta režimo diegiama komunistinė pasaulėžiūra ir ideologija kėsino į krikščioniškas lietuvių tautos vertybes. Bažnyčia pasisakė prieš komunizmo ideologiją, o jos skleidžiamos vertybės tapo režimo, propaguojančio ateizmą, esminiu priešu. Buvo kuriami mechanizmai, kurie turėjo užtikrinti Katalikų bažnyčios veiklos kontrolę ir jos suvaržymą. Šio tikslo siekta uždarant bažnyčias, vienuolynus, mažinant kunigų skaičių. Dvasininkai, besipriešinantys sovietų režimo vykdomai totalitarinei politikai, patirdavo persekiojimus ir represijas.
Mirus Josifui Stalinui, Sovietų Sąjungos lyderis Nikita Chruščiovas pradėjo „atšilimo“ politiką. Bažnyčios atžvilgiu buvo padarytos tam tikros nuolaidos. Didžiajai daliai kunigų leista grįžti iš įkalinimo ir tremties vietų, suteikti leidimai statyti bažnyčias. Tačiau sovietų valdžios teikiamos nuolaidos buvo labai siauro pobūdžio, jas stengtasi kuo labiau išnaudoti režimo tikslams.
1956 m. sovietų valdžia davė leidimą statyti naują bažnyčią Klaipėdoje. Per tris metus tikintieji už suaukotas lėšas pastatė 63 metrų ilgio ir 25 metrų pločio bažnyčią su 70 m aukščio bokštu, talpinusią apie 3 tūkstančius žmonių. Tačiau statybos darbams artėjant į pabaigą prasidėjo trukdymai. 1960 m. vasarą, per Žolinę numatytos bažnyčios šventinimo iškilmės taip ir neįvyko. Komunistų valdžia siekė sukompromituoti bažnyčios statytojus. Kunigai Liudvikas Pavilionis ir Bronislovas Burneikis buvo apkaltinti kyšininkavimu, spekuliavimu statybinėmis medžiagomis ir valiuta ir nuteisti kalėti. Nepaisant tikinčiųjų prieštaravimų, 1962 m. prasidėjo bažnyčios griovimo darbai. Visi bažnyčios vidaus įrengimai buvo be gailesčio naikinami, pastatas buvo paverstas filharmonija.
XX a. 7-ąjį deš. Lietuvoje subrendo Katalikų bažnyčios pasipriešinimas sovietų režimo vykdomai politikai ir tikinčiųjų teisių judėjimas, kuris įkvėpė ir padrąsino visuomenę kovoti. XX a. 8-deš pabaigoje tikinėtieji ėmė aktyviai veikti siekdami susigrąžinti taip ir nepradėjusią veikti bažnyčią Klaipėdoje. Kreipimaisi, peticijos, prašymai buvo siunčiami į įvairias valdžios institucijas.
1979 m. Lietuvos katalikai parengė peticiją, adresuotą SSRS Aukščiausiosios Tarybos prezidiumo pirmininkui Leonidui Brežnevui, prie kurios pridėjo 1589 sunumeruotus puslapius su 143 869 parašais iš skirtingų Lietuvos parapijų ir 56 dokumentines fotografijas, pasakojančias apie bažnyčios statybą. Nuorašai pasiųsti: 1) LSSR Ministrų Tarybai; 2) Religinių Reikalų Tarybos prie SSRS MT Įgaliotiniui; 3) Lietuvos Vyskupams ir vyskupijų Valdytojams; 4) Tikinčiųjų Teisėms Ginti Katalikų Komitetui. Žmonės, pasiryžę šiam kilniam ir sudėtingam darbui, rizikavo būti persekiojami sovietų saugumo. Tačiau ši peticija adresato nepasiekė – ji nugulė sovietų saugumo – KGB – pareigūnų stalčiuose Vilniuje. Reikėjo laukti dar beveik dešimt metų, kada 1988 m. lapkričio 25 d. Klaipėdos Taikos Karalienės bažnyčioje buvo aukojamos pirmos šv. Mišios.