Muziejaus uždavinys – rinkti, saugoti, tyrinėti ir propaguoti istorinę-dokumentinę medžiagą, atspindinčią sovietinio okupacinio režimo vykdyto Lietuvos gyventojų fizinio ir dvasinio genocido formas, metodus, pasipriešinimo okupaciniam režimui būdus ir mastą, įamžinti sovietinio genocido aukų ir laisvės kovotojų atminimą.

Šiuo metu muziejaus fonduose sukaupta daugiau kaip 144 tūkst. eksponatų. Jie tyrinėjami, skaitmeninami, vedami į kompiuterinę apskaitą. Muziejaus fondų medžiaga gali naudotis tiek Lietuvos, tiek užsienio valstybių piliečiai, vykdantys mokslinius tyrimus, rengiantys leidinius, publikacijas, parodas, įgyvendinantys kultūrines ir švietėjiškas veiklas, susijusias su Lietuvos okupacijos istorijos pristatymu.

Į muziejų atvykę lankytojai gali dalyvauti apžvalginėje ekskursijoje po visas muziejaus ekspozicijas, rinktis teminę ekskursiją ir detaliau sužinoti buvusio KGB vidaus kalėjimo, devynerius metus trukusio partizaninio karo ar Lietuvos gyventojų kalinimo lageriuose ir priverstinio gyvenimo tremtyje istoriją, rinktis audiogidą ir savarankiškai susipažinti su muziejaus ekspozicijomis.

Muziejaus darbuotojų parengta edukacinė programa „Atverta istorija“ siūlo moksleiviams edukacinius užsiėmimus, ekskursijas, dokumentinių filmų peržiūras. Muziejaus Konferencijų salėje vyksta teminiai vakarai, parodų pristatymai, meninių ir dokumentinių filmų peržiūros.

Muziejaus darbuotojų parengtos kilnojamosios parodos eksponuojamos ne tik Lietuvoje, bet ir užsienio valstybėse.